孔子是儒学创始人，他最大的贡献，就是建立了一套完整的仁学体系。仁的概念在孔子以前已经出现，但以“仁”来说明其学说并以此统属其整个思想体系，却是由孔子开始的。
关于仁学的内涵，我们可以从以下几个方面来理解。
以人为本。仁者“爱人”，“仁者人也”。“仁”的基本形式是人与人之间彼此相爱的伦理关系——“爱人”，要求将人作为人来看待，强调人有爱和尊重的需求。孔子将仁确定为最基本的社会关系准则，并围绕“爱人”的内涵，构造了仁学的思想体系。仁爱是孔子思想体系的核心，后来成为整个儒家文化的中心范畴。仁爱思想体系的产生，在理论上是对旧时完全非人性的宗法等级秩序的合理性否定。对统治者来说，“道千乘之国，敬事而信，节用而爱人，使民以时”（《论语· 学而》）应当为其指南。孔子拥护宗法等级制度，但他的确看到这一制度需要进行修补，需要以仁爱的形式来修饰社会等级秩序的内容。这既合乎个人，也合乎整个社会发展的需要。
为仁由己。这是仁学的实施方法。仁爱在孔子那里主要是一种道德义务，强调的是人内在的道德自觉性，重在培养人的德行。“己欲立而立人，己欲达而达人”（《论语·雍也》）；“己所不欲，勿施于人”（《论语·颜渊》）。这即是出于彼此相爱的人格互相尊重的需要，又是一种“为仁由己”的道德自律，它并不主动关心权益和报偿的问题，而是追求个体人格的完善。仁学的追求目标是培养君子人格。
血缘基础。孔子在建构仁学体系时，要求整个社会以血缘宗法为基础，保存、建立一种严格等级秩序又体现“仁爱”精神的社会关系。孔子试图通过血缘纽带建立一套普适于整个社会的普遍必然的伦理秩序，这是仁学的出发点。“孝”、“悌”通过血缘从纵横两个方面把氏族关系和等级制度构造起来。君子“迩之事父，远之事君”，国与家联系起来，国就是大的家。《大学》演绎为，君子要“修身齐家治国平天下”。
儒家在后来的发展中逐步突出了仁爱的等级差别思想。“仁者人也，亲亲为大。义者宜也，尊贤为大。亲亲之杀，尊贤之等，礼所生也。”故仁爱与礼制密切相关。
克己复礼为仁。“克己复礼为仁，一日克己复礼，天下归仁焉。”（《论语·颜渊》）“礼“是指周礼。孔子提倡仁爱的直接目的，是想通过对上下尊卑之间的人际关系的调节，维护君臣父子的等级差别，挽救“礼坏乐崩”的社会政治秩序，防止“犯上作乱”。“复礼”的措施体现在社会国家关系上，是“君君，臣臣，父父，子子”的对等级名分的端正；在个人道德修养上，则是要“非礼勿视，非礼勿听，非礼勿言，非礼勿动。”如果每一个社会成员都以实践周礼为己任，自觉地约束自己的行为，天下就能回复到周礼的规范，成为一个仁爱、德治的社会。所以，孔子反对单纯采用刑罚镇压的手段来治理国家，因为“道之以政，齐之以刑，民免而无耻；道之以德，齐之以礼，有耻且格”，礼制可以通过仁爱、德治的教化手段来加以实施。因此，孔子的仁学有很强的实践性和实用性。
孔子仁学的人道精神与人格理想、重视现实、经世致用的理性态度，乐观进取、舍我其谁的实践精神……都曾在中国历史上起到积极的作用。
然而，由于仁学强调人世现实，过分偏重实用，便相对地忽视、轻视甚至反对科学的抽象思辨，使得中国古代科学的发展长期停留并满足在经验论的水平，形成中华民族性格在思维方式上的弱点和习惯。没有抽象思辨理论的发展，是不可能有现代科学的充分开拓的。
不仅如此，因为“仁”与恢复周礼密切相关，“仁”不是最终目的，只是被利用的工具，是实用性的。所以“仁学”缺少稳定不变的客观标准，很容易被篡改和利用，孔子而后，儒分为八。中国思想史上对仁的阐释和演绎也在不断发展和变化，以便于统一人民的意识形态，有利于统制和管理。这种实用主义的态度，也使得中华民族性格中缺少对真理的执著追求精神，只讲目的，不在乎手段。
同时由于仁学在实践方面对情感的展露经常采用克制、引导、自我调节的方针，“发乎情止乎礼义”（《毛诗大序》），这也就使得中华民族生活中和艺术中的情感经常处在自我压抑的状态中，不能充分地表达出来。以至发展到后来程朱理学的“存天理、灭人欲”，在某种程度上限制了文明的发展，也在现代史上阻碍了中华民族现代化的进程。
因此，在五四运动时期，中国的知识精英们提倡科学和民主，首先就把矛头指向了以孔子为代表的儒家文化，一针见血地指出其满纸的仁义道德其实都是“吃人”二字。
另外，孔子的仁爱是建立在血缘关系的基础上，因此这种爱是有条件的爱，有差别的爱。首先是爱与自己血缘关系最近的，再由近及远。有条件的爱、有差别的爱就不是真正的爱。因此，以儒家文化为主流文化的中华民族缺少博爱的精神。既然爱有差别，有远近，那么爱自己至亲的人的表现之一就是为其复仇，所谓“杀父之仇，不共戴天”。因此，父债子还，冤冤相报的仇恨文化就充斥了中国的历史。有差别的爱也使得不同阶层的人缺少沟通和交流，上层社会对下层百姓的冷漠，边缘人群的仇富心理都在此基础上产生出来，社会矛盾激化常常以暴力的方式解决，改朝换代时对文明的延续也造成了很大程度上的破坏。
