理学讨论的主要问题有：
①本体论问题，即世界万物的本原问题。理学家对这个问题各有不同回答，但是都否定有上帝一类人格神和彼岸世界的存在。他们集中批判佛、道以空、无为世界本体的理论。张载提出“太虚无形，气之本体”的气本论哲学，认为太虚不是空无，而是占有时间和空间的物质气的存在形式，太虚之气是世界万物的本原。二程建立了“天即理”的理本论哲学，认为观念性的理是世界本原，但理并不是虚空，而是实有其理。理是观念性的实体，是有实际内容的。朱熹提出理为“本”、气为“具”的学说，以太极之理为宇宙本体，太极是“有理”和“无形”的统一，而不是纯粹的虚无。陆九渊、王守仁以心为本原，认为“心即理也”。理学家在讨论世界本原问题时，已接触到思维同存在的关系这个哲学的基本问题。
② 心性论问题，即人性的来源和心、性、情的关系问题。理学家对人性来源的探讨，和他们的本体论有密切联系。张载提出天地之性与气质之性和心统性情的学说，认为天地之性来源于太虚之气，但他有时又夸大了性的作用。程颢提出心即天以及性无内外的命题，把心、性、天统一起来。程颐则提出性即理的命题，把性说成形而上之理。朱熹发展了性即理和心统性情的学说，认为心之本体即是性，是未发之中；心之作用便是情，是已发之和；性和情是体用关系，而心是“主宰”。陆九渊认为，心即是性，即是理。王守仁提出心之本体即是性，即是至善。理学家们在心性问题上虽然说法不同，但他们所谓性，都是指某种道德原则、道德属性。他们通过讨论主体和客体、人和自然的关系问题，试图解决人的本质和人性问题，从不同方面强调人的道德意识的作用。
③认识论问题，即认识的来源和认识方法问题。理学家都很重视认识问题，并提出了比较系统的理论，把本体论、心性论、认识论统一起来，融为一体。张载首先提出“见闻之知”与“德性所知”两种知识，并提倡穷理尽性之学，成为理学家共同讨论的问题。二程通过对《大学》“致知在格物”的发挥，提出了格物致知的认识学说。程颐主张至于物而穷其理，但不能逐物，必须“反躬”。朱熹提出“即物穷理”的系统方法，主张格物、致知二者不可分离，穷理多后，便能“豁然贯通”，内外合一。陆九渊强调“反观”，认为心便是理，只须向内反观，不必向外求索。王守仁提出“致良知”说，认为格物致知就是致吾心之良知于事事物物，从而完成了由内向外的认识路线。他们还讨论到知行关系问题，提出“知先行后”、“知行并进”、“知行合一”等学说，力图把认识和道德实践统一起来。
理学所讨论的，不是纯粹的认识问题，主要是道德意识的自我认识和实践问题。理学家认为，人之所以异于禽兽，在于人心有灵明。人生天地之间，不仅与天地对立，而且与天地相通，人可以与天地并立而为三。张载的“天地之塞吾其体，天地之帅吾其性”，周敦颐的“圣人定之以中正仁义而主静，立人极焉”，程颢的“仁者，以天地万物为一体”，程颐的“圣人与理为一”，朱熹的“心与理一”，王守仁的“大人者以天地万物为一体者也”，都是力求建立人生最高理想。他们都宣扬所谓合内外之道，一天人之学。但理学家一般认为，这种最高理想，只能在日用人伦之中，通过自我认识和践履才能达到。理学家所谓理欲、义利之辩以及格物致知、诚、敬等功夫，就是达到这种境界的方法。张载说的“为天地立志，为生民立道，为去圣继绝学，为万世开太平”，是理学所要达到的共同目标。
