“仁”是万物之源，它“以通为第一义”。而“以太”则是沟通世界成为一个整体的桥梁。“以太”构成万物的本质，充满宇宙之间，自然界和人类社会的—切现象，都是从“以太”派生出来，并成为“以太”的一部分。认为“以太”本身是“不生不灭”的，宇宙间各种事物，只有“变易”，没有“存亡”；只有“聚散”，没有“生灭”。肯定了自然界和人类社会不是静止的、停顿的，而是不断运动、变化和发展的，批判了“天不变，道亦不变”的封建顽固思想。从变易中论证其改革社会制度的政治理想。
但《仁学》杂糅科学与宗教、唯物与唯心， 因而在理论上和实践上都表现出自相矛盾的情况。
